根據行政院第 024 卷 第086 期公報修正版「設置再生能源設施免請領雜項執照標準」第五條及第六條內容，在合法建築物屋頂上，如有違章建築者，在不影響公共安全及妨礙違章建築處理的情況下，只要符合條例所示的三種類型，就能合法進行太陽能系統的免雜照申請
1. 結構分立型：太陽光電設備（含支撐架）與違章建築結構分立。
2. 結構共構型：太陽光電設備（含支撐架）與違章建築結構共構。
3. 設備安裝型（非屬建築行為）：太陽光電設備直接安裝於既存違章建築屋頂上。
在此也要特別提醒大家，違建並不會因為建置了合法太陽能系統就變成合法的，既有違章建築最後的合法性還是要依照各縣市政府建築主管機關判定。
行政院第 024 卷 第086 期公報原始內容如下
經濟部 內政部 令
中華民國107 年5 月10 日
經能字第 10704602190 號
台內營字第 1070807831 號
修正「設置再生能源設施免請領雜項執照標準」第五條及第六條附件一、附件三。
附修正「設置再生能源設施免請領雜項執照標準」第五條及第六條附件一、附件三
部 長 沈榮津
部 長 葉俊榮
設置再生能源設施免請領雜項執照標準第五條及第六條附件一、附件三修正條文
第 五 條 設置太陽光電發電設備，符合下列條件之一者，得免依建築法規定申請雜項執照：
一、設置於建築物屋頂或露臺，其高度自屋頂面或露臺面起算四點五公尺以下。
二、設置於屋頂突出物，其高度自屋頂突出物面起算一點五公尺以下。
三、設置於地面，其高度自地面起算四點五公尺以下。
前項設備屬仰角非固定者，僅得設置於地面，其高度以固定仰角三十度為計算標準。
架高於設置面之運轉維護孔道或通道設施，其水平投影面積不得超過太陽光電發電設備整體水平投影面積百分之三十。
太陽光電發電設備設置於屋頂、露臺或屋頂突出物者，得視為屋簷，其最大設置範圍以建築物外牆中心線或其代替柱中心線外一公尺為限，且不得超過建築基地範圍。
第一項第一款合法建築物屋頂，如有違章建築者，設置太陽光電發電設備時，不得影響公共安全及妨礙違章建築處理，其適用類型如下：
一、結構分立型：太陽光電設備（含支撐架）與違章建築結構分立。
二、結構共構型：太陽光電設備（含支撐架）與違章建築結構共構。
三、設備安裝型（非屬建築行為）：太陽光電設備直接安裝於既存違章建築屋頂上。
